吞咽的过程可以分为三个阶段，只须其中一个阶段出现问题，便是出现了吞咽困难：
口腔期
主要包含咬断和嚼碎，是可以由孩子自行控制的自主动作。这个阶段中，食物被嚼成细块，令食物更容易被吞下。
咽腔期
主要指食物从口腔进入食道，甲状腺骨升起，会厌盖住气管时的动作。这个动作属自然反应，并不是自主的动作。假如孩子出现咽腔期的吞咽困难，一般在出世后数星期已被发现。
食道期
食物已进入食道，并向下蠕动至胃部。在这个阶段出现的吞咽困难较为罕见。普通的吞咽困难多出现于口腔期，而较少出现于咽腔期及食道期。但假如孩子在两岁将来还常常流口水，或口部静止时，唇边看上去非常松驰，便大概是口肌运动出了问题。
练习口肌有方法
口肌问题或许会致使吞咽困难，比如因口肌乏力，很难完全嚼碎食物，令食物较难吞下；同时也大概因此而致使孩子发音问题，影响言语学习。不过口肌问题是可以透过练习而改变，言语治疗师或许会使用以下的游戏和训练强化孩子口肌，有助孩子说话或吞咽的能力：
针对口唇肌肉的训练
吹泡泡、吹乒乓球、吹羽毛
针对咀嚼能力
咀嚼耐嚼管
针对舌头灵活度
以舌头追雪条棍或长形饼干条